Giới tính của cá sấu được xác định bởi nhiệt độ của trứng khi ấp ở trong tổ, Điều này chứng tỏ giới tính cá sấu được xác định bởi nhiệt nhiệt độ ấp nở. Ở nhiệt độ dưới 31,7 độ C thì trứng nở ra sẽ cho ra giới tính là cái, nhiệt độ từ 31,7 – 34,5 độ C khi nở ra cá sẽ có giới tính đực và sau đó nhiệt độ trên 34,5 độ C sẽ sản sinh ra con cái cái một lần nữa.
 |
| Nhiệt độ ấp nở xác định giới tính cá sấu |
Và điều này có nghĩa là giới tính của cá sấu không được xác định về di truyền, giống như con người và với rất nhiều loài động vật có vú khác, nhưng nó thực sự được xác định bởi nhiệt độ ấp trứng.
Đến giai đoạn sau (giai đoạn sinh trưởng).Chúng ta có thể nhận biết giới tính của cá sấu thông qua việc so sánh sự khác nhau của hình dạng bên ngoài ở những con cùng lứa tuổi như:
Cá sấu cái đầu nhỏ, mõm ngắn, vảy thưa, tốc độ sinh trưởng chậm, trong khi đó cá sấu đực thường đầu to, mõm dài, lớn nhanh hơn .
 |
| Cá sấu đực có bộ phận sinh dục rõ ràng |
Để đảm bảo tính chắc chắn trong việc lập sổ theo dõi, khi lựa chọn cá bố (mẹ) đưa vào nuôi sinh sản, ta nên dùng tay kiểm tra giới tính từng con qua lỗ huyệt và tiến hành đánh dấu cá thể.
 |
| Cá sấu bắt đầu giao phối khi đến tuổi sinh sản |
Thời gian ấp trứng kéo dài từ 11 đến 13 tuần (78 – 90 ngày). Nhiệt độ thích hợp đối với quá trình ấp từ 31°C đến 32°C. Trong tự nhiên, suốt thời gian ấp trứng cá sấu mẹ không đi kiếm mồi mà nằm ngay bên cạnh để canh giữ. Đến thời kì sắp nở khi nghe tiếng kêu của cá sấu con, cá mẹ sẽ bới đất hỗ trợ, mang cá sấu con đến nơi có nguồn nước.